Z początku zadaniem kolonii było prowadzenie działalności misyjnej wśród Indian. Jednak już wkrótce kolonia stała się ważnym ośrodkiem handlu futrami. W miarę przekształcania się w faktorię handlową, osada przyjęła dzisiejszą nazwę Montreal, od nadanej przez Cartiera nazwy wzgórza (wówczas wymawianej jako Mont Réal).

Błędy dyplomatyczne popełnione przez Francuzów przez pierwsze lata swojej obecności w Kanadzie obróciły przeciwko nim konfederację Irokezów. Ta grupa Indian prowadziła z Francuzami sporadyczne wojny do 1701. Montreal, jako najbardziej wysunięta na zachód placówka Francuzów, był nękany częstymi napadami Indian. Ludność osady rosła powoli, od 675 w 1665 do około 1000 w 1700. Po zawarciu pokoju z Irokezami sytuacja znacznie się polepszyła. Do 1760 ludność zwiększyła się do około 5000. Miasto zostało otoczone fortyfikacjami ziemnymi na wzór europejski.

W trakcie wojny siedmioletniej Brytyjczycy podbili posiadłości francuskie w Ameryce Północnej i włączyli je do swojego imperium. Montreal, ostatni punkt oporu Francuzów, poddał się armii brytyjskiej w 1760.