Królowa-wdowa nie mogła natomiast po prostu opuścić Węgier zostając postawioną przed faktami dokonanymi, gdy nastrojona antyhabsbursko szlachta na zgromadzeniu narodowym w Rákos wybrała na kolejnego króla jej syna jako Jana II Zygmunta. Od tej pory Izabela rozpoczęła walkę o dziedzictwo swego męża, które chciała przekazać swemu jedynemu synowi. Musiała jednak liczyć się z silniejszymi od siebie politykami: arcyksięciem Ferdynandem, sułtanem tureckim Sulejmanem Wspaniałym, a na Węgrzech z wpływowym mnichem, biskupem Wielkiego Waradynu i głównym doradcą zmarłego króla – Jerzym Utiešenoviciem.
W cieniu Utiešenovicia (1540–1551) W latach 1540–1551 Izabela była formalną regentką Węgier w imieniu Jana Zygmunta, obranego, ale niekoronowanego króla Węgier. Władza Izabeli była w tym czasie jednak mocno ograniczona, zarówno terytorialnie, jak i przedmiotowo. Po pierwsze zachodnią część kraju kontrolował Ferdynand Habsburg – w świetle postanowień zjazdu wiedeńskiego z 1515 oraz układu wielkowaradyńskiego z 1538 prawowity król Węgier. Po drugie pretensje do zwierzchnictwa nad dziedzictwem Zápolyów i całymi Węgrami podnosił Sulejman Wspaniały, który uważał zmarłego króla Jana za swego lennika. Po trzecie władzę Izabeli ograniczał współregent królestwa i najbardziej utalentowany z ministrów Jana – Jerzy Utiešenović.