Izabela musiała udać się z synem do Siedmiogrodu, który wraz z nadcisańską częścią Węgier i wschodnią Słowacją (ówcześnie Górnymi Węgrami) miał być odtąd krajem lennym wobec Porty Osmańskiej.
Pobyt w Siedmiogrodzie thumb|180px|XIX-wieczne wyobrażenie Izabeli Jagiellonki w narodowym stroju węgierskim Podział Węgier dokonany w 1541 okazał się trwały i granice wtedy ustalone miały – z niewielkimi zmianami – utrzymać się przez następne 150 lat. Węgry jakie podlegały formalnej władzy Izabeli miały stać się w przyszłości Księstwem Siedmiogrodu. Jednak za życia Izabeli była ona, podobnie jak jej syn, wciąż tytułowani władcami Węgier. Zwycięstwo tureckie pod Budą uczyniło Turcję najważniejszą siłą na Węgrzech. Polityka królowej i Utiešenovicia nadal jednak musiała polegać na lawirowaniu pomiędzy Habsburgami a sułtanem. W pierwszych latach pobytu w Siedmiogrodzie Izabela dążyła do porozumienia z Ferdynandem i wyrażała chęć opuszczenia niegościnnej i ubogiej w jej mniemaniu krainy. Mimo zawiłych pertraktacji i podpisania wstępnych porozumień do ostatecznej ugody nie