Dymisja nie została przyjęta przez premiera Marka Belkę.
Był członkiem komitetu wyborczego Włodzimierza Cimoszewicza w wyborach prezydenckich w 2005. W wyborach parlamentarnych w tym samym roku ponownie został wybrany do Sejmu z ramienia Sojuszu Lewicy Demokratycznej.
Pod koniec listopada 2005 prezydent Aleksander Kwaśniewski wszczął procedurę o ułaskawienie w stosunku do Ryszarda Kalisza, który został uznany winnym pomówienia. Proces karny dotyczył jego wypowiedzi związanej z zajściami na wiecu wyborczym Aleksandra Kwaśniewskiego w 2000 w Białymstoku. Radny Jacek Żalek uznał, że Ryszard Kalisz naruszył jego dobre imię, pomawiając go o zorganizowanie i kierowanie uzbrojoną w noże i gazy obezwładniające grupą mężczyzn zakłócających wiec Aleksandra Kwaśniewskiego. Postępowanie w sprawie z prywatnego oskarżenia Jacka Żalka przeciwko Ryszardowi Kaliszowi zostało warunkowo umorzone w październiku 2005, orzeczono też zadośćuczynienie. W tym samym miesiącu zakończył pełnienie funkcji ministra.