Na emigracji zamieszkał i zmarł w Tarnowie, gdzie znajdowało się Centrum Państwowe Ukraińskiej Republiki Ludowej (Rząd Ukraińskiej Republiki Ludowej na Emigracji).
Generał płk Mykoła Junakiw był przewodniczącym Wyższej Rady Wojskowej w Tarnowie, Ministrem Spraw Wojskowych, sekretarzem Ukraińskiego Komitetu Centralnego. Władze sowieckie zażądały wydalenia Junakowa z terenu Polski, powołując się na postanowienia traktatu ryskiego, jednak roszczenia te nie zostały spełnione. Generał do czasu swojej śmierci działał w obozach, gdzie mieszkali internowani Ukraińcy. Był odznaczony Krzyżem Symona Petlury, Orderem Świętego Włodzimierza III i IV klasy, Orderem Świętej Anny II i III klasy, Orderem Świętego Stanisława I, II i III klasy. Zmarł 1 sierpnia 1931 roku w Tarnowie podczas jednej z inspekcji, na którą przybył do miasta. 3 sierpnia został pochowany na cmentarzu komunalnym w Tarnowie-Krzyżu. W jego pogrzebie wzięła udział kompania honorowa Wojska Polskiego, obecni byli przedstawiciele polskich władz i rządu URL na emigracji. Został pochowany w mogile rosyjskich żołnierzy z 1915 roku, jako na jedynym „prawosławnym skrawku” Tarnowa. Mogiłę Junakowa odkrył nieżyjący już tarnowski historyk Andrzej Warżel.