Dawny stan prawny i majątkowy szkoły powrócił na fali zmian ustroju. W 1991 r. Jan Paweł II przybył do Płocka i zatrzymał się przed pomnikiem abpa A.J. Nowowiejskiego przed gmachem Seminarium Duchownego. W październiku 2000 roku seminarium zawarło umowę z Uniwersytetem Kardynała Stefana Wyszyńskiego w Warszawie, jej klerycy stali się pełnoprawnymi studentami Wydziału Teologicznego Uniwersytetu Kardynała Stefana Wyszyńskiego w Warszawie.
Działalność W Seminarium działają dwa zespoły muzyczne: Hodos i Fraters, a także inne agendy: koła miłosierdzia, misyjne, naukowe, historyczne, teatralne, schola, reprezentacje sportowe, grupa powołaniowa, Asysta Biskupia i grupa medialna oraz grupy formacyjne: Ruch Światło-Życie, Krucjata Wyzwolenia Człowieka, Wojsko Gedeona, Laboratorium Wiary i Katolickie Stowarzyszenie Młodzieży. Istnieje też seminaryjna prasa: „Sursum Corda” (wydawana od 1927 roku), „Misyjny Szlak” oraz „Żyć Liturgią”.
Przełożeni Rektor: ks. dr Marek Jarosz Prefekt ds. studiów: ks. dr Włodzimierz Piętka Prefekt roku propedeutycznego: ks. mgr Paweł Baliński Ojciec duchowny: ks. mgr Wojciech Kruszewski