W Lokomotiwie spędził prawie dwadzieścia lat (od 1986 do 2005 z przerwą), co jest rekordem w historii ligi rosyjskiej. W ciągu tego okresu przekształcił klub z ligowego średniaka w jednego z potentatów rozgrywek. W 2002 zdobył pierwsze w historii mistrzostwo kraju, wynik ten powtórzył dwa lata później. Ponadto Lokomotiw za jego kadencji czterokrotnie zwyciężał w Pucharze Rosji (1996, 1997, 2000 i 2001), dwa razy osiągał półfinał Pucharu Zdobywców Pucharów (1998 i 1999) oraz – w sezonie 2001–2002 – zadebiutował w Lidze Mistrzów. Wielu podopiecznych Siomina – m.in. bramkarz Rusłan Nigmatullin, pomocnicy Dmitrij Siennikow, Marat Izmajłow, czy napastnicy Rusłan Pimienow i Maksim Buznikin – przez wiele lat grało w reprezentacji Rosji.
Równocześnie w tym czasie był asystentem trzech selekcjonerów drużyny narodowej – Pawła Sadyrina (1992-1994), któremu pomagał także w czasie Mundialu 1994, Borisa Ignatjewa (1996-1998) i Anatolija Byszowca (1998).