Jego nauczycielami byli także Jan Łukasiewicz i Władysław Witwicki.
Lwów był w latach studiów Ajdukiewicza głównym ośrodkiem nowej filozofii polskiej, ściśle związanej z badaniami logicznymi, dążącej do klarowności i precyzji myślenia. Wokół Kazimierza Twardowskiego wykształciło się środowisko intelektualne, zwane później szkołą lwowsko-warszawską, w którego atmosferze Ajdukiewicz dojrzewał intelektualnie.
W 1912 uzyskał stopień doktora filozofii na podstawie rozprawy O stosunku aprioryzmu przestrzeni u Kanta do kwestii genezy wyobrażenia przestrzeni, napisanej pod kierunkiem Kazimierza Twardowskiego.
W 1913 zdał egzamin państwowy na nauczyciela matematyki w szkole średniej. Odczuwał jednak potrzebę pogłębienia wykształcenia filozoficznego, podjął więc dalsze studia na Uniwersytecie w Getyndze. Tam w latach 1913–1914 słuchał wykładów z filozofii Edmunda Husserla i Leonarda Nelsona oraz Davida Hilberta z matematyki i logiki.
Poglądy Hilberta na naturę matematyki wywarły znaczny wpływ na rozwój poglądów filozoficznych Ajdukiewicza, który fascynował się jego formalizmem matematycznym. Widoczne jest to zwłaszcza w jego pracy habilitacyjnej.