W czasie pracy w szkole prowadził badania naukowe, których wyniki znalazły miejsce w jego pracy habilitacyjnej.
W 1920 poślubił Marię, córkę Kazimierza Twardowskiego, która była z wykształcenia filologiem klasycznym – miał z nią dwoje dzieci, syna i córkę.
Wojna polsko-bolszewicka i dalsza kariera wojskowa Od lipca do listopada 1920 brał jako ochotnik udział w wojnie polsko-bolszewickiej. 9 września 1920 został zatwierdzony z dniem 1 kwietnia 1920 w stopniu kapitana, w artylerii, w grupie oficerów byłej armii austro-węgierskiej.
W 1922 posiadał przydział w rezerwie do 12 Pułku Artylerii Polowej w Złoczowie, a później do 27 Pułku Artylerii Polowej we Włodzimierzu. 8 stycznia 1924 został zatwierdzony w stopniu kapitana ze starszeństwem z 1 czerwca 1919 i 240. lokatą w korpusie oficerów artylerii. W 1934, jako oficer pospolitego ruszenia pozostawał w ewidencji Powiatowej Komendy Uzupełnień Lwów Miasto. Posiadał przydział do Oficerskiej Kadry Okręgowej Nr VI. Był wówczas „reklamowany na 12 miesięcy”.
Ajdukiewicz do końca życia był dumny ze swoich osiągnięć wojskowych i nawiązywał do nich w prywatnych rozmowach.