Planowany, przed wykonaniem odpowiednich ekspertyz i ocen oddziaływania na środowisko, koszt budowy kanału o długości 1100 metrów i szerokości 40 m w dnie i 80 m na powierzchni, to około 80 mln euro. Pogłębienie toru wodnego i dostosowanie go do statków o wymaganym przez port elbląski tonażu, a także budowa specjalnych śluz i mostów, podniesie koszt inwestycji do około 230 mln euro. Projekt wchodzi w kolizję z unijnym programem ochrony przyrody Natura 2000.
Opinie o wymogu konsultacji transgranicznych skutków inwestycji w związku ze zobowiązaniami wynikającymi z wiążącej Polskę Konwencji z Espoo z 1991 r. (Convention on Environmental Impact Assessment in a Transboundary Context) nie mają uzasadnienia, bowiem Federacja Rosyjska jako jedyne państwo w regionie nie ratyfikowała konwencji. Federacja Rosyjska dzięki temu mogła nie wchodzić w konsultacje o skutkach transgranicznych inwestycji Nord Stream (chociaż były prowadzone w ograniczonym zakresie w stosunku do Polski ze względów politycznych), albo obecnie nie prowadzić żadnych konsultacji w sprawie planowanej Bałtyckiej Elektrowni Atomowej.