Legendarne początki Efezu wiązane są także z Amazonkami, które wymieniane są w niektórych mitach jako założycielki miasta.

Dzięki korzystnemu położeniu geograficznemu (u ujścia rzeki), Efez rozwinął się jako miasto portowe i ośrodek handlowy. W VII wieku p.n.e. miasto zostało zniszczone podczas najazdu Kimmerów. Około 560 p.n.e. Efez został zdobyty przez króla Lidii Krezusa, który je odbudował. W 546 p.n.e., po zwycięstwie Cyrusa Wielkiego przeszedł pod panowanie perskie. W tym czasie w Efezie urodził się i mieszkał filozof Heraklit oraz malarz Parrasjos. Podczas powstania jońskiego Efez nie przyłączył się do zbuntowanych miast, dzięki temu nie został zniszczony. W 334 p.n.e. został zdobyty przez Macedończyków. Po śmierci Aleksandra Wielkiego odziedziczył je Lizymach, który przeniósł je (ok. 2,5 km w kierunku południowo-zachodnim) do doliny pomiędzy wzgórzami Coressus (Bülbür Dağ) a Pion, budując nowy port i mury obronne. Lizymach zmienił też nazwę miasta na Arsineia (nowa nazwa przetrwała do 281 p.n.e.). Nowa lokalizacja miasta związana była z trwającym nieustannie procesem zamulania portu osadami niesionymi przez rzekę (pierwsze próby ratowania portu były podjęte jeszcze przez króla Attalosa II). W 133 p.n.e.