Szwajcarzy planowali rozpocząć bitwę jak najszybciej, obawiając się braków w zaopatrzeniu w przypadku dłuższego oczekiwania. Armia szwajcarska wzmocniona siłami sprzymierzonymi liczyła 25 000 ludzi w tym 1800 rycerstwa. Burgundczycy dysponowali siłami 23 000 ludzi, posiadali jednak lepsze uzbrojenie niż przeciwnik.
W międzyczasie rozpoczęło się oblężenie miasta, a artyleria burgundzka zniszczyła kilka bram miejskich. Załoga miasta dzięki energicznemu dowodzeniu Adriana von Bubenberga stawiła silny opór atakującym. Obrońcy wykorzystywali w walkach niemalże całą artylerię zdobytą na Burgundczykach pod Grandson. Ataki na miasto przyniosły wojskom Karola znaczne straty. Pomimo tych sukcesów, dłuższa obrona miasta skazana była na niepowodzenie. Obawiano się losu podobnego do tego jaki spotkał obrońców Grandson. Z niecierpliwością oczekiwano na pomoc z zewnątrz. Tymczasem w lasach na wschód od Murten siły szwajcarskie i lotaryńskie pod wodzą Hansa von Hallwyla i Hansa Waldmanna szykowały się do ataku.
Bitwa pod Morat Zwiadowcy burgundcy szybko donieśli władcy o nadciągających oddziałach Szwajcarów, ten jednak zignorował ich ostrzeżenia. Powodem tego było łatwe zdobycie jednej z pozycji przeciwnika.