Auto w roku 2002 przeszło facelifting. Zmieniono reflektory, zderzaki, oraz deskę rozdzielczą. W 2006, przy okazji kolejnego liftingu powiększono też gamę silnikową o nowoczesne diesle: 1.6HDi 75 KM i 1.6HDi 90 KM, zniknęły motory 1.9 D oraz 2.0 HDi, zmieniono światła tylne i dodano klamkę w drzwiach tylnych.
W październiku 2003 roku zadebiutowała odmiana terenowa pod nazwą Citroën Berlingo X-TR. Wyróżniała się ona: powiększeniem o 15 mm prześwitu, zastosowaniem płyty pod nadwoziem, samoblokującym mechanizmem różnicowym, który dostarczał więcej momentu na koło o lepszej przyczepności (do 75:25), zmienione zawieszenie na wersję „dla trudnych warunków jazdy”. Berlingo okazał się solidnym i mało usterkowym autem. Dzięki takiej opinii należy do czołówki swojego segmentu.
Produkowano go w fabryce koncernu PSA „Citroën España S.A.” w Vigo w Hiszpanii. Drugi, mniejszy europejski zakład produkujący go od 1998 roku, „Citroën Lusitania S.A.”, mieści się w Mangualde w Portugalii. Od 1999 roku jest on produkowany w w Argentynie przez firmę Sevel Argentina, przekształconą w 2000 roku w „Peugeot-Citroën Argentina S.A.”. Był również montowany w Casablance w Maroku. W latach 1998–2001 był montowany w FSO ZSD w Nysie.