Pod koniec sezonu Hoyte wrócił do Arsenalu.
Z początkiem sezonu 2006/2007 nastąpiły małe zmiany w obronie Arsenalu. Ashley Cole odszedł do Chelsea F.C., a kontuzji doznał Gaël Clichy i na lewej obronie zrobiła się luka. Hoyte trafił więc do pierwszej jedenastki i rozpoczął sezon od meczów z Aston Villą oraz Dinamem Zagrzeb.
Od sierpnia 2008 roku Hoyte gra w Middlesbrough. W sezonie 2008/2009 spadł z tym klubem do League Championship.
Statystyki Stan na 11 października 2009 Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 2002/03 Arsenal Anglia Premier League 1 0 2003/04 1 0 2004/05 5 0 2005/06 → Sunderland 27 1 2006/07 Arsenal 22 1 2007/08 5 0 2008/09 Middlesbrough 22 0 Łącznie w Premier League 80 2 2009/10 Middlesbrough Anglia Championship 29 1 2010/11 Middlesbrough 16 0 2011/12 Middlesbrough
Kariera reprezentacyjna W 2004 roku Hoyte zadebiutował w młodzieżowej reprezentacji Anglii w kategorii Under-21. Przez 2 lata ten obrońca rozegrał w niej 9 meczów.
Sportowe tradycje rodzinne Brat Justina, Gavin, jest zawodnikiem juniorów w Arsenalu i także gra na pozycji obrońcy. Matka Justina, Wendy Hoyte była niegdyś jedną z najlepszych sprinterek w Wielkiej Brytanii.