Przy przeważających wiatrach zachodnich, niosących wilgoć, Góry Czerchowskie, pozostające w cieniu opadowym Tatr i Gór Lewockich, otrzymują stosunkowo niewiele opadów. Na ich ostateczną ilość i rozkład mają wpływ morfologia terenu i wysokość n.p.m. Dolina Torysy w rejonie Sabinova otrzymuje jedynie 590–630 mm opadów rocznie. Wyżej położone stoki otrzymują 650–750 mm opadów rocznie, a jedynie partie szczytowe charakteryzują się opadami powyżej 800 mm. Najbardziej deszczowymi miesiącami są czerwiec i lipiec, najmniej opadów przypada na luty.
Stosunkowo niewielka część opadów przypada na śnieg. Liczba dni z pokrywą śniegową zmienia się od 60–80 w niższych partiach gór do 80–120 w partiach szczytowych. Grubość pokrywy śnieżnej w niższych partiach wynosi ok. 30 cm, w wyższych 40 cm, w partiach szczytowych do 60 cm. Na trwałość pokrywy śnieżnej mają wpływ ciepłe z reguły wiatry znad Kotliny Panońskiej.
Przyroda Góry Czerchowskie są w ponad 80% pokryte lasami. Lasy te są w większości liściaste, przeważnie bukowe, poza tym występuje jawor, grab, dąb i brzoza. Z drzew iglastych rośnie tu świerk. Lasy są ostoją dla wielu gatunków zwierząt, w tym dużych ssaków. Szczytowe partie pasma pokrywają połoniny przypominające bieszczadzkie.