W 1965 roku został oficerem w Zarządzie II Sztabu Generalnego Wojska Polskiego w Warszawiehttp://katalog.bip.ipn.gov.pl/showDetails.do?idx=WA&katalogId=2&subpageKatalogId=2&pageNo=1&nameId=8403&osobaId=32080&.. Od 1970 roku zajmował stanowisko rzeczoznawcy ds. morskich w Attachacie Wojskowym przy Ambasadzie PRL w Paryżu. Następnie w latach 1975–1979 był na stanowisku starszego oficera. W okresie 1979–1983 Kmdr por. Wawrzyniak był attaché wojskowym przy Ambasadzie PRL w Rzymie. W latach 1983 do 1987 komandor pełnił stanowisko szefa Oddziału Europejskiego Z II SG WP (lata 1984–1987). Z tego stanowiska został przeniesiony do rezerwy. W 1990 roku wiceadm. Piotr Kołodziejczyk powołał go do służby czynnej i wyznaczył szefem Gabinetu Ministra Obrony Narodowej. W latach 1991–1992 kadm. Czesław Wawrzyniak był pierwszym Szefem Inspektoratu Wojskowych Służb Informacyjnych w Warszawie, po czym przeszedł w stan spoczynku.
Awansował na kolejne stopnie oficerskie: podporucznika marynarki – 1959 porucznika marynarki – 1962 kapitana marynarki – 1966 komandora podporucznika – 1971 komandora porucznika – 1977 komandora – 1985 kontradmirała – 1991