Do roku 1955/56 wykłady odbywały się w języku łacińskim. Liczba godzin lekcyjnych wynosiła 24, a wraz z rozwojem programu nauczania dochodziła nawet do 30 tygodniowo. Na czele studiów stoi rektor wybierany na kapitule prowincjalnej lub mianowany przez prowincjała z jego radą. Początkowo nazywano go regensem, później prefektem studiów albo magistrem wyższego seminarium. Od 1969 r. funkcjonuje tytuł rektora.
Przygotowanie kadry profesorskiej było dokonywane poprzez wysyłanie ojców na studia w polskich i zagranicznych uczelniach: we Lwowie, w Rzymie (Seraphicum, Biblicum, Gregorianum, Lateranum, Marianum), w Warszawie, Lublinie (KUL), Poznaniu i Krakowie (UJ), we Fryburgu (Szwajcaria) i w Louvain (Belgia). Podstawowy trzon zespołu profesorów stanowili zawsze franciszkanie, w większości z tytułami doktorskimi. W seminarium wykładali też profesorowie innych zakonów, zgromadzeń, księża diecezjalni i ludzie świeccy. W krakowskim studium kształcili się polscy franciszkanie z prowincji galicyjskiej (do 1918 r.), potem z prowincji polskiej (1919-39), krakowskiej i warszawskiej (1939-81) i gdańskiej (od 1986), a także franciszkanie z USA, Rumunii, Włoch, Jugosławii, Belgii, Czech, Austrii a nawet Korei. Podstawowym zajęciem profesorów były wykłady i prowadzenie ćwiczeń.