Seria Heisei mały|Fanowska ilustracja przedstawiająca Mecha Króla Ghidorę. Ghidora powrócił w serii Heisei, w filmie Godzilla kontra Król Ghidorah. Tym razem jednak nie był potworem z kosmosu, lecz powstał z trzech małych zwierzątek przywiezionych przez przybyszów z przyszłości – Doratów. W wyniku podróży w czasie do roku 1944 zostały one pozostawione na wyspie, na której w latach 50. XX wieku przeprowadzane były testy z bronią jądrową. Napromieniowane, połączyły się w jednego, trójgłowego potwora, który zaatakował Japonię w 1992 roku. Po przegranej walce z Godzillą (w wyniku której Ghidora stracił środkową głowę) i upadku na dno ocean, Emmy – podróżniczka w czasie, wróciła do 2204 roku, aby tam odnaleźć w morzu pozostałości Króla Ghidory. Po odnalezieniu cielska, zostaje ono zmodyfikowane, a części ciała, które z powodu Godzilli uległy zniszczeniu, zostały zastąpione mechanicznymi częściami. Tak narodził się – pół-robot, pół-potwór, który był całkowicie kontrolowany przez Emmy. Po skonstruowaniu cyborga, Emmy cofa się z nim ponownie do 1992 roku, aby za pomocą niego pokonać Godzillę.