Zgodnie z danymi opublikowanymi przez przedsiębiorstwo w 2002 roku jego największymi akcjonariuszami byli: Michaił Chodorkowski (9,5%), (8%), Płaton Lebiediew (8%), Władimir Dubow (7%), Michaił Brudno (7%) i Wasilij Szachnowski (4,5%).
Po kilku latach od prywatyzacji Jukos stał się potężnym przedsiębiorstwem o wielkich ambicjach. W kwietniu 2002 ogłoszono fuzję Jukosu z Sibnieftem, inną rosyjską kompanią energetyczną. W rezultacie połączenia miał powstać czwarty pod względem wydobycia koncern naftowy świata. Plany Chodorkowskiego pokrzyżował jednak Kreml.
2 lipca 2003 aresztowany został Płaton Lebiediew, wiceprezes przedsiębiorstwa. Oskarżono go o oszustwa i niepłacenie podatków. Wydarzenie to otworzyło tzw. „sprawę Jukosu”. 25 października 2003 aresztowany został Michaił Chodorkowski, który miał spędzić w kolonii karnej 10 lat, do ułaskawienia przez prezydenta Władimira Putina i emigracji z Rosji w 2013. Był to początek końca przedsiębiorstwa, które popadło w konflikt z władzą. Jego najważniejszymi przyczynami były: chęć Kremla, aby przejąć część aktywów Jukosu, który stał się zbyt potężny oraz ambicje polityczne jego największych akcjonariuszy. Oficjalnie Jukos został oskarżony o niepłacenie podatków w należnej wysokości.