Cząsteczki takie nazwane rybozymami spełniają w organizmach żywych funkcje analogiczne do enzymów białkowych. Problematyczne w hipotezie są właściwości rybozy, cukru wchodzącego w skład RNA. Mógł on co prawda powstawać bez udziału organizmów, jednak jest związkiem mało stabilnym i w syntezie powstają dwie formy. Rozważa się też hipotezę, według której pierwszym związkiem zdolnym do replikacji był PNA lub TNA.
Niezależnie od tego, czy pierwszym typem cząsteczki było RNA, czy związek zbliżony do niego, powszechność wykorzystania białek przez współczesne organizmy wskazuje na wczesne pojawienie się polimerów powstających z aminokwasów. Aminokwasy są we współczesnym metabolizmie wykorzystywane do syntezy puryn – adeniny i guaniny oraz pirymidyn – uracylu i cytozyny. Jest to wskazówka, że już na etapie świata RNA replikujące się cząsteczki wymagały alternatywnych mechanizmów syntezy prowadzących do znanych ze współczesnych organizmów szlaków metabolicznych. Polipeptydy nie mają jednak możliwości replikacji i ich pojawienie się w procesach ewolucyjnych jest prawdopodobnie związane z oddziaływaniem z cząsteczkami RNA i sprzyjaniem ich replikacji. Kluczowym momentem dla ewolucji polipeptydów byłoby potencjalnie powstanie kodu genetycznego i możliwość syntezy białek na rybosomach.