Przygotowania do drugiego pełnometrażowego filmu zaczęły się wkrótce po premierze Instytutu Benjamenta; te dwa obrazy dzieli jedenaście lat. Czas ten upłynął na zbieraniu funduszy i dopracowywaniu scenariusza, który z początku miał być adaptacją powieści argentyńskiego pisarza Adolfo Bioy Casaresa Wynalazek Morela, na co nie pozwoliły jednak prawa autorskie. Stroiciel trzęsień ziemi miał premierę w 2006 roku.
Na retrospektywach twórczości m.in. w Beverly Hills i La Rochelle w 2006 roku bracia pokazali sześciominutową animację, która w katalogach festiwali figurowała jako Sanatorium Under the Sign of the Hourglass (work in progress).
W 2008 Bracia Quay wystąpili jako eksperci w polsko-litewskim filmie dokumentalnym Treser Żuków opowiadającym o pionierze animacji lalkowej Władysławie Starewiczu.
W 2009 zrealizowali w Polsce film dokumentalno-animowany Inwentorium śladów. Producentem było studio Marka Serafińskiego przy udziale Muzeum Zamku w Łańcucie i TVP. Kolejny film Quayów Maska według opowiadania Stanisława Lema powstał w łódzkim Se-ma-forze.