Chromofor – atom, jon, cząsteczka lub inne indywiduum chemiczne, w obrębie którego lub której zachodzą przejścia elektronowe odpowiadające za pasmo widmowe. Pierwotnie termin ten dotyczył grup funkcyjnych cząsteczki decydujących o jej barwie.
Gdy cząsteczka absorbuje światło widzialne o niektórych długościach fali, a odbija lub przepuszcza światło o innej długości fali, wtedy ma ona barwę.
Chromofor to rejon cząsteczki, w którym energia potrzebna do przeniesienia elektronu między orbitalami jest w zakresie światła widzialnego. Światło padające na chromofor jest absorbowane, co przenosi elektrony z ich stanu podstawowego do stanu wzbudzonego.
Na przykład w cząsteczkach biologicznych odpowiedzialnych za absorpcję lub detekcję światła chromoforami są najczęściej ich motywy strukturalne. Po absorpcji fali świetlnej mogą one wywołać zmiany konformacyjne całej cząsteczki.
Ogólnie chromoforem jest zwykle jeden z dwóch układów: układ sprzężonych wiązań (orbitali) π związek kompleksowy metalu.