na więzienie, szpital i przebudowano podobnie jak wiele innych budynków w ówczesnym Zamościu w stylu klasycystycznym – zamurowane zostały podcienia, zniknęły attyki oraz dekoracje, zmieniono dach, przez co budynek utracił swój bogatszy wystrój na bardziej surowy (1823-25 r.). Dodatkowo, z tyłu ratusza (od strony Rynku Solnego), dobudowano inne więzienie (1822 r.), które w późniejszych latach (1854 r.) połączono z ratuszem wąskimi skrzydłami, co dało niewielki dziedziniec pośrodku. Dopiero w roku 1866, kiedy podjęto decyzję o nieprzydatności i likwidacji zamojskiej twierdzy, ratusz ponownie stał się siedzibą Rady Miejskiej i innych instytucji (m.in. sąd, policja, biblioteka).
W okresie międzywojennym (1937–1939) przeprowadzono gruntowną rekonstrukcję ratusza, którą kierował arch. Tadeusz Zaremba. Przywrócono wówczas jego świetniejszy, manierystyczno-barokowy wygląd z XVII wieku - ponownie ozdobiony attykami i licznymi dekoracjami. Po II wojnie światowej, podczas której zamojski ratusz nie uległ zniszczeniom, był nadal remontowany, również wewnątrz, m.in. rozebrano odwach pod schodami (lata 60.), odnowiono jego elewacje. W 1973 r. w całości przeniesiono tu magistrat.