W lipcu 1992 zadebiutowała w żeńskim trio See-Saw. W ciągu następnych dwóch lat grupa wydała sześć singli i dwa albumy. Jednakże w 1995 tymczasowo się rozpadli. Kajiura kontynuowała karierę solo, komponując muzykę dla innych artystów, jak również jako dźwiękowiec w telewizji, reklamach, filmach, anime oraz grach.
W 2001 wraz z Chiaki Ishikawą reaktywowały See-Saw. Mniej więcej w tym samym czasie związała się ze studiem animacji Koichiego Mashimo – Bee Train, i ich pierwszym bardziej znanym projektem – Noir. Pomimo kontrowersji, jakie wywołał serial wśród widzów, krytycy ocenili pozytywnie ścieżkę dźwiękowa, nadając jej rangę przełomu w dziedzinie muzyki w anime. Uznano to za ryzykowny, acz bardzo udany mix techno, opery oraz francuskiego brzmienia.
Kajiura bardzo ceniła stopień artystycznej swobody, jaką dał jej Mashimo – reżyser serii podczas prac nad Noir, dzięki czemu ich współpraca rozszerzyła się na wiele z jego kolejnych projektów, wliczając ostatni (z 2006) Tsubasa Chronicle). Mashimo nigdy nie stawiał żadnych wyraźnych ograniczeń czy celów przed Kajiurą, pozwalając jej komponować to, na co tylko miała ochotę.