Pobyt w łagrach Od sierpnia 1944 roku pracował jako inżynier we Lwowie przy odbudowie lotniska i mostów. Po zejściu do podziemia był w organizacji „NIE” oficerem informacyjnym dzielnicy wschodniej. Zdradzony, został aresztowany przez NKWD 14 lutego 1945. Po ciężkim śledztwie w więzieniu przy ul. Łąckiego (był torturowany – od tamtego czasu nie słyszał na jedno ucho), został we wrześniu 1945 skazany na 10 lat łagrów.
Od 1949 roku na terenie ZSRR powstały specjalne łagry przeznaczone dla więźniów politycznych, tzw. Specłagry. Regulamin w nich był mniej surowy, niż w obozach katorżniczych, ale ostrzejszy niż w zwykłych. Węgierski przebywał w obozach koncentracyjnych na środkowym Uralu. Trafił do miejscowości Spassk. Z obozu wywożono codziennie dwa samochody trupów. Jemu udało się przeżyć. We wrześniu 1949 roku przeniesiono go do łagru w Ekibastuzie. Tam Jerzy Węgierski poznał Aleksandra Sołżenicyna. Po latach Sołżenicyn uwiecznił postać Węgierskiego w Archipelagu GUŁag. W dziele Sołżenicyna nazwisko Jerzego Węgierskiego jest wymienione dwukrotnie. Pierwszy raz, gdy autor opisuje osoby, które w świecie ludzi zniwelowanych, pozbawionych cech własnych osobowości, zachowały pełnię ognia wewnętrznego.