Po latach walk wewnętrznych i bojkotu ze strony USA, w 1990 roku oddał władzę opozycji. Nowym prezydentem została Violeta Chamorro. Od tamtej pory stał na czele opozycji skupionej wokół Frontu. Na łamach partii opowiadał się za kursem socjalistycznym. Bezskutecznie brał udział w wyborach prezydenckich w 1996 i 2001 roku (w wyborach w 2001 roku zdobył 42% głosów).
Powrócił do władzy w 2007 roku po wyborczym sukcesie w wyborach prezydenckich. Jego kadencja przedłużyła się w 2011 roku, kiedy to uzyskał reelekcję uzyskując przy tym około 60% głosów. Drugi etap rządów Ortegi wiąże się z rezygnacją z antyamerykańskiej retoryki, utrzymywaniem bliskich relacji z Wenezuelą rządzoną przez Hugo Cháveza, wdrażaniem programów eliminacji analfabetyzmu i głodu oraz wspieraniem sektora prywatnego.