Ponadto Federer w Bazylei wraz z Dominikiem Hrbatým awansowali do finału gry podwójnej, ale spotkanie o mistrzowski tytuł przegrali z Donaldem Johnsonem i Pietem Norvalem. Na koniec roku Federer zajmował 29. miejsce w klasyfikacji singlowej.
Sezon 2001 Sezon Federer zainaugurował startem w Sydney, gdzie odpadł z rywalizacji w ćwierćfinale. Podczas Australian Open doszedł do III rundy po wcześniejszym pokonaniu m.in. Arnauda Di Pasquale’a; przegrał z Arnaudem Clémentem. Pod koniec stycznia Szwajcar wygrał pierwszy turniej rangi ATP World Tour w grze pojedynczej, w halowych kortach w Mediolanie, eliminując m.in. Jewgienija Kafielnikowa, a w finale wynikiem 6:4, 6:7(7), 6:4 Francuza Juliena Bouttera. W połowie lutego, w Marsylii osiągnął półfinał, w którym tym razem przegrał z Kafielnikowem. Tydzień po tym starcie, na kortach w Rotterdamie, Federer uzyskał finał w singlu i deblu. W grze pojedynczej wyeliminował m.in. Àlexa Corretję (wówczas nr 7. w rankingu), jednak w finale nie sprostał Nicolasowi Escudé. W grze podwójnej w parze z Jonasem Björkmanem pokonali w decydującym spotkaniu czeski duet Petr Pála-Pavel Vízner. W marcu Szwajcar doszedł do ćwierćfinału rozgrywek ATP Masters Series w Miami.