Rządy i funkcje Joachim Fryderyk był zręcznym gospodarzem. Zatwierdził dawne przywileje miast księstwa. Popierał rozwój rzemiosła. W Oławie otworzył mennicę, do której kruszce sprowadzano z kopalń z wykupionych okręgów Dzierżoniowa i Srebrnej Góry. Dbał o rozbudowę umocnień i fortyfikacji Brzegu. Ufundował także posagi dla niezamężnych córek Henryka XI.
Dzięki koligacjom rodzinnym i dobrym kontaktom z dworem praskim pełnił zaszczytne funkcje. Od 1585 r. piastował godność prepozyta zluteranizowanej kapituły magdeburskiej, a od 1588 r. także generała i dowódcy regularnych wojsk śląskich.
Śmierć i następstwa Joachim Fryderyk zmarł 25 marca 1602 w Brzegu. 7 maja tego roku został pochowany w tamtejszym kościele zamkowym pw. św. Jadwigi. Na mocy testamentu, który spisał 16 grudnia 1595 okręg Oławy przypadł jego żonie w dożywocie. Anna Maria zmarła 11 listopada 1605, a jej ciało spoczęło u boku męża.
Księstwo legnickie przypadło dwóm synom Joachima Fryderyka: Janowi Chrystianowi i Jerzemu Rudolfowi.