Latem 1905 roku był świadkiem powstania na pancerniku Potiomkin – jednym z symboli rewolucji 1905 roku w Rosji, podczas podróży powrotnej z Egiptu przez Odessę. W 1906 roku został po raz pierwszy aresztowany w Petersburgu i za nielegalne zameldowanie wydalony do Lebiedianu. Potajemnie powrócił w okolice miasta i zamieszkał niedaleko, na terenie administracyjnie należącym już do Wielkiego Księstwa Finlandii (które było wtedy częścią Imperium Rosyjskiego), by ukończyć studia.
W 1908 roku opuścił partię bolszewików. W tym samym roku zadebiutował opowiadaniem Odin (ros. Один). W 1910 roku rozpoczął swoją karierę jako wykładowca i inżynier budowy okrętów. Również w tym roku ukończył kolejne opowiadanie – Diewuszka (ros. Девушка).
W 1911 roku po raz drugi został wydalony z Petersburga za nielegalne zameldowanie – tym razem został zesłany do Łachty (obecnie jest to część Petersburga w okręgu Łachta-Olgino). W tym okresie powstają pierwsze nowele Zamiatina – Ujezdnoje (Уездное) i Na kuliczkach (На куличках), które przysporzyły mu sławę wśród znawców i krytyków literatury, a także innych pisarzy, m.in. Maksima Gorkiego.