W związku ze zbliżaniem się Armii Czerwonej Niemcy przystąpili latem 1944 do ewakuacji obozu. 28 lipca blisko 4 tys. więźniów popędzono pieszo do Kutna. Tych, którzy przeżyli ów „marsz śmierci” wywieziono 2 sierpnia do KL Dachau. 5 sierpnia, w piątym dniu powstania warszawskiego, obóz przy ul. Gęsiej został zdobyty przez żołnierzy Batalionu „Zośka”, którzy wyzwolili ostatnich przybywających w nim jeszcze więźniów. Według danych dowództwa Armii Krajowej powstańcy uwolnili tego dnia 348 Żydów, w tym 24 kobiety. Większość uwolnionych Żydów zgłosiła się ochotniczo w szeregi oddziałów powstańczych. Służyli oni później zarówno z bronią w ręku, jak też w jednostkach pomocniczych, które zajmowały się gaszeniem pożarów, ratowaniem zasypanych, transportem i aprowizacją.
Lata 1945–1956
Wkrótce po wyparciu Niemców z Warszawy część dawnego KL Warschau została przejęta przez sowieckie NKWD, które urządziło tam własny obóz dla jeńców niemieckich, członków AK oraz żołnierzy podziemia niepodległościowego. Funkcjonował on od stycznia do maja 1945 roku. Więźniowie byli przetrzymywani w fatalnych warunkach, prawdopodobnie w obozie dochodziło również do licznych egzekucji.