Od 1373 we władaniu Korony Czeskiej. W 1402 zawarto w Krakowie układ w sprawie sprzedaży miasta i regionu Polsce, po czym parę miesięcy później sprzedano miasto zakonowi krzyżackiemu, do którego należał wraz z całą Nową Marchią do 1454. Podczas wojny polsko-krzyżackiej lat 1431–1435, w 1433, Moryń został splądrowany przez husytów i na trzy wieki utracił status miejski i był traktowany jako wieś rycerska. W drugiej połowie XV w. samodzielność miasta została ograniczona przez sprzedanie go prywatnym właścicielom. W XVI w. miastem władała rodzina Schönebeck, których siedziba rodowa znajdowała się w Gądnie.
Wiek siedemnasty nie był dla miasta szczęśliwy, głównie ze względu na zniszczenia wywołane działaniami wojennymi wojny trzydziestoletniej oraz pożarami, które trzykrotnie nawiedziły miasto (w latach: 1637, 1640, 1688). Miasto uległo wyludnieniu (w 1719 mieszkały tu tylko 124 osoby). W XVIII w. sytuacja finansowa miasta uległa poprawie – ufundowano wówczas m.in. bogate wyposażenie dla tutejszego kościoła (do dziś zachowała się ambona). W mieście działał browar, funkcjonowała także apteka. Mieszczanie zajmowali się także sprzedażą sielawy z jeziora Morzycko. W 1801 Moryń liczył 939 mieszkańców.