W czasie swojego życia nie studiował, ale mimo to w czasie rozpoczęcia II wojny światowej pełnił dość wysoką funkcję w nowo utworzonym Głównym Urzędzie Bezpieczeństwa Rzeszy (Reichssicherheitshauptamt, RSHA).
Na początku sierpnia 1939 Naujocks ponownie się ożenił. Podjął wówczas próbę przeniesienia do Luftwaffe, jednak Heydrich te próby zablokował.
W roku 1939 za zadanie dostał produkcję fałszywych pieniędzy, w roku 1940 jego zadaniem było utworzenie służby wywiadowczej na zagranicznych obszarach Europy południowo-wschodniej. Inne źródła mówią, że zadanie takie otrzymał już w roku 1939. Ponadto miał on wiele zadań, o których nie wspominał ani podczas przesłuchań przez Aliantów, ani w niemieckiej prokuraturze. Informacje te wypłynęły jednak podczas przesłuchań innych osób. I tak na przykład Egon Vorauer, przedstawiciel Urzędu VI w Atenach w roku 1956 zeznawał, że Naujock był jego bezpośrednim przełożonym.
W roku 1940 Werner Göttsch i a. Naujocks spotkali się w Bukareszcie, gdzie omawiali kwestię operacji nurkowej na Morzu Czarnym.