9 czerwca SD zostało mianowane jedyną służbą wywiadowczą NSDAP, a 20 czerwca 1934 roku Hitler mianował SS samodzielną organizacją wewnątrz NSDAP. Po akcji organizatorzy akcji i sprawcy czystek awansowali. Latem 1934 Naujocksowi powiedziano, że jako szofer nie ma większych szans na awans i powinien ubiegać się o inną posadę. Już wkrótce aplikował na stanowisko pracownika biurowego SD z pensją 100 Marek Rzeszy (RM). Pod koniec tego samego roku został przeniesiony do registratury. Wykonywał dość monotonną pracę, opracowywał akta i kartoteki. Już w styczniu 1935 roku awansował na stopień SS-Untersturmführera (odpowiednik podporucznika) i został przeniesiony na odcinek Wschód, do stacjonującej tam placówki Abwehry. Jednocześnie po raz pierwszy powierzono mu funkcje kierownicze. Jego praca polegała m.in. na zajmowaniu się kwestiami kontrwywiadu, ochronie danych dotyczących niemieckiego przemysłu zbrojeniowego i zwalczanie obcego wywiadu. Jesienią 1937 Naujocks został mianowany na SS-Hauptsturmführera i został kierownikiem wydziału kontrwywiadu odcinka.