Mimo próby oszukania go przez brytyjską załogę, kapitan Prien zaproponował dowódcy statku powrót na opuszczoną jednostkę w celu zwolnienia kolejnej łodzi ratunkowej. Wobec odmowy Brytyjczyka, dowódca U-Boota postanowił zatopić frachtowiec pojedynczą torpedą. Wystrzelony pocisk uległ jednak awarii, wobec czego Prien zatopił statek ogniem artyleryjskim. Trzeci podczas tego rejsu atak Priena zakończył pierwszy wojenny patrol U-47, który na wezwanie admirała Karla Dönitza 15 września 1939 roku wpłynął do bazy w Kilonii.
Atak na Scapa Flow
thumb|Scapa Flow na mapie północnej Szkocji i Morza Północnego Od samego początku działań wojennych, admirał Dönitz rozważał atak na główną bazę floty brytyjskiej w Scapa Flow na Orkadach na północy Szkocji. Po opracowaniu planu ataku przez sztab Dönitza, dowódca U-Bootwaffe złożył propozycję przeprowadzenia ataku Güntherowi Prienowi. Dowódca U-47 przyjął wyzwanie i 8 października 1939 roku okręt wypłynął z Kilonii na Morze PółnocnePeter Padfield: War beneath the sea..., s. 60–64.. Plan ataku oparty był na wykrytym, dzięki rozpoznaniu wywiadowczemu i lotniczemu, słabym punkcie obrony w podejściach do bazy. Realizując plany sztabowe, U-47 zdołał wpłynąć na powierzchni do bazy, gdzie dowódca niemieckiego okrętu odnalazł pancerniki HMS „Royal Oak” oraz – jak sądził – HMS „Repulse”.