Prawidłowa nazwa tego wulkanu po japońsku to Fuji-san 富士山.
Geologia thumb|Fudżi od strony zatoki Suruga Góra Fudżi położona jest na węźle potrójnym, czyli miejscu, gdzie spotykają się trzy płyty tektoniczne: amurska, ochocka i filipińska.
Jest to czynny stratowulkan leżący na skałach morskich paleogenu i neogenu. Średnica krateru wynosi 500 m, a głębokość 250 m. Komora magmowa o objętości około 1400 km³ leży na głębokości około 56 km. Fudżi złożony jest z trzech stożków wulkanicznych będących pozostałością różnych wiekowo faz wulkanizmu oraz utworów niewidocznych na powierzchni. Najstarszy jest stożek Pre-Komitake aktywny przed 700 tys. lat i znany tylko z odwiertów. Cechuje się wulkanizmem andezytowym. Trochę młodszy, zachowany na powierzchni, jest stożek Komitake sprzed około 700 tys. lat, o wulkanizmie andezytowo-bazaltowym. Kolejny stożek tzw. Starsza Fudżi działał od 80 tys. lat do 11 tys. lat temu i cechował się wulkanizmem bazaltowym, podobnie jak stożek Młodsza Fudżi, aktywny od 11 tys. lat i najwyższy z trzech omówionych. Choć główna faza aktywności Młodszej Fudżi przypada na okres 11–8 tys. lat temu, to wulkan ten wciąż jest aktywny. Od 781 roku doszło do 10 erupcji, w tym trzy bardzo znaczne. Ostatnia erupcja miała miejsce od 28 października 1707 do 1 stycznia 1708 roku w okresie Edo.