Nowe władze podjęły decyzję o dezintegracji Uniwersytetu poprzez zmiany w strukturze organizacyjnej: w styczniu 1950 roku powstała Akademia Medyczna utworzona z Wydziału Lekarskiego, Studium Stomatologicznego oraz Wydziału Farmaceutycznego, a Studium Wychowania Fizycznego przekształcono w Wyższą Szkołę Wychowania Fizycznego. w styczniu 1952 roku powstała Wyższa Szkoła Rolnicza z Wydziału Rolniczego, Studium Ogrodniczego oraz Wydziału Leśnego.
Poza zmianami organizacyjnymi, nastąpiły również zmiany strukturalne: we wrześniu 1951 roku wydział Matematyczno-Przyrodniczy przekształcono w Wydział Biologii i Nauk o Ziemi oraz Wydział Matematyki, Fizyki i Chemii, z Wydziału Humanistycznego również w 1951 wyodrębniono Wydział Filologiczny, a w 1952 Wydział Filozoficzno-Historyczny, który w 1976 przekształcono w Wydziały Historyczny i Nauk Społecznych, w 1984 utworzono Wydział Biologii i Wydział Nauk Geograficznych i Geologicznych, w wyniku przekształcenia Wydziału Biologii i Nauk o Ziemi, w 1988 z Wydziału Filologicznego wydzielono Wydział Filologii Polskiej i Klasycznej oraz Wydział Neofilologii.
31 grudnia 1955 roku zmieniono nazwę z Uniwersytetu Poznańskiego na Uniwersytet im. Adama Mickiewicza, a w 1977 rozpoczęto budowę Kampusu Morasko w północnej części miasta, będącego siedzibą m.in.