Szybko zorganizowano pierwsze okupacyjne mecze oraz całe mistrzostwa.
W 1949 roku za wzorcem radzieckim wszystkie kluby sportowe w Polsce pozbawiono osobowości prawnej i wcielono w nowo powstałe zrzeszenia sportowe. 6 lutego Wisła wstąpiła do ZS Gwardia i przyjęła podwójną nazwę Gwardia-Wisła. Klub od następnego roku występował oficjalnie jako Gwardia Kraków, a we wrześniu 1955 roku powrócił do tradycyjnej nazwy – Wisła. W 1967 roku przed człon „Towarzystwo Sportowe” dodano przymiotnik „Gwardyjskie”, który usunięto po rozformowaniu MO w 1990 roku.
Zmiana ustroju politycznego w Polsce zmieniła też sytuację klubów sportowych. Lata powojenne pozostawiły Wisłę bez siedziby. Stadion został przekazany milicji, natomiast hale sportowe miastu. Niemniej, z biegiem lat klubowi udało się odzyskać hale i odbudować swoją przedwojenną pozycję.
Sekcje sportowe thumb|250px|Widok na rozbudowę Stadionu Miejskiego w Krakowie Obecnie TS Wisła prowadzi następujące sekcje: boks brydż gimnastyka judo koszykówka kobiet (zob. TS Wisła Can-Pack Kraków) koszykówka mężczyzn (zob. Wisła Kraków (koszykówka)) siatkówka kobiet (zob.