Zlewnia Trzciańskiego Potoku znajduje się w dwóch mezoregionach: w Beskidzie Wyspowym i na Pogórzu Wiśnickim (w większości). Dorzecze jest symetryczne; jest 21 lewych i 20 prawych dopływów. Największe z nich to prawobrzeżne potoki Podkosówka i Z Sepnego oraz lewobrzeżna Saneczka. Liczne z dopływów mają duży spadek. W obrębie Żegociny i Łąkty Górnej w dwóch miejscach Trzciański Potok rozdziela się na dwa koryta, które po pewnym odcinku znów łączą się z sobą. W czasie wielkiej powodzi w 1997 r. rzeka wylała niszcząc większość mostów i powodując wiele innych poważnych strat materialnych. Obecnie jej koryto na większej części swojego przebiegu jest uregulowane (w trakcie regulacji rzeki zlikwidowano spore zakole w obrębie wsi Trzciana poniżej budynku Urzędu Gminy). Na całej długości Trzciańskiego Potoku są 23 mosty.
Woda w potokach zasilających Sankę i płynących przez lesiste i niezamieszkane tereny ma I klasę czystości. Rzeka w różnych miejscach na swoim przebiegu ma I lub II klasę czystości. W 2020 r. miejscowości położone nad Trzciańskim Potokiem (Żegocina, Łąkta Górna i Trzciana) są podłączone do oczyszczalni ścieków. Dno rzeki jest kamienisto-piaszczyste. Sanka i większe z zasilających ją potoków są dość obficie zarybione.