W odpowiedzi strona polska i związkowa od października 1459 r. zorganizowała system zbrojnych konwojów na Wiśle, wystawiły flotę kaperską blokującą krzyżackie wybrzeże morskie i zrezygnowały z wypraw pospolitego ruszenia, przeznaczając wszystkie środki finansowe na wynajęcie najemników. Dowodzenie przejął murgrabia krakowski Piotr Dunin, który na czele nielicznych, ale dobrze wyszkolonych wojsk rozpoczął w październiku 1461 r. ofensywę, dążąc do odcięcia zachodniego Pomorza od Prus, a 17 września 1462 r. odniósł przełomowe zwycięstwo nad wojskami krzyżackimi w bitwie pod Świecinem. W zwycięskiej dla związkowców bitwie morskiej na Zalewie Wiślanym (Zatoce Świeżej) 15 września 1463 r. krzyżacka flota została zniszczona przez floty Gdańska i Elbląga, co uniemożliwiło wielkiemu mistrzowi dostarczenie pomocy dla obleganych krzyżackich twierdz nad Wisłą. Po upadku Gniewu, Nowego i Starogardu oraz kapitulacji 28 września 1466 r. Chojnic, ostatniej krzyżackiej twierdzy na Pomorzu, zrujnowany finansowo zakon krzyżacki zgodził się przyjąć warunki pokojowe. Na mocy podpisanego 31 grudnia 1466 r.