Natura 2000 W 2004 r. obszar lądowy Słowińskiego Parku Narodowego, w tym jezioro Łebsko, został włączony do programu Natura 2000 jako obszar specjalnej ochrony ptaków Pobrzeże Słowińskie (PLB220003). Zawiera się on w obrębie siedliskowym Ostoja Słowińska (PLH220023), obejmującym również część morską parku.
Ostoja Ptaków IBA Park uznany jest również za Międzynarodową Ostoję Ptaków IBA (Important Bird Areas), według kryteriów wyznaczonych przez BirdLife International. Na takim obszarze muszą występować przede wszystkim gatunki ptaków zagrożone wymarciem, gatunki rzadkie oraz o ograniczonym zasięgu występowania oraz licznie przebywające ptaki migrujące i zimujące. Torfowiska otaczające jezioro są siedliskiem lęgowym derkacza zwyczajnego.
Rezerwaty przyrody W okolicy jeziora położone są: obszar ochrony ścisłej Bielice obszar ochrony ścisłej Bory Torfowe obszar ochrony ścisłej Ciemińskie Błota obszar ochrony ścisłej Gackie Lęgi obszar ochrony ścisłej Klukowe Buki obszar ochrony ścisłej Klukowe Lęgi obszar ochrony ścisłej Olszyna obszar ochrony ścisłej Mierzeja obszar ochrony ścisłej Moroszka obszar ochrony ścisłej Żarnowskie Lęgi