Roślinność jest w znacznym stopniu zmieniona wskutek nasadzenia świerka. Obecnie prowadzony jest program renaturyzacji torfowiska, polegający m.in. na piętrzeniu wody w rowach melioracyjnych poprzez budowę zastawek. Umożliwił on już ponowne zabagnienie centralnej części torfowiska, gdzie zachowały się resztki bezdrzewnych mszarów, oraz zarośnięcie torfowcami samych rowów. W rezerwacie występują chronione gatunki roślin: rosiczka okrągłolistna, widłak jałowcowaty, wrzosiec bagienny oraz (bardzo licznie) bagno zwyczajne. Walory rezerwatu wzbogaca występowanie kilku rzadkich gatunków mchów torfowców (Sphagnum wulfianum, S. tenellum, S. fuscum).
Porosty i grzyby wielkoowocnikowe Aż 20 stwierdzonych tu porostów zaliczanych jest do gatunków specjalnej troski – chronionych, rzadkich lub zagrożonych. Niektóre porosty rezerwatu są bardzo rzadkie nie tylko w skali regionalnej, ale i krajowej. Jednym z nich jest Absconditella pauxilla, znana jest w Polsce tylko ze Staniszewskiego Błota i pobliskiego rezerwatu Kurze Grzędy. Bardzo cennym gatunkiem związanym z torfowiskami wysokimi i dobrze zachowanymi bagiennymi borami sosnowymi jest także Cladonia stygia, utrzymująca się w rezerwacie od kilkudziesięciu lat.