Zagrożenia i ochrona Kategorie zagrożenia gatunku: Kategoria zagrożenia w Polsce według Czerwonej listy roślin i grzybów Polski (2006): E (wymierający); 2016: CR (krytycznie zagrożony). Kategoria zagrożenia w Polsce według Polskiej Czerwonej Księgi Roślin (2001, 2014): CR (krytycznie zagrożony). Kategoria zagrożenia podane w monografii sekcji Erythrocarpa Štěpánka & Kirschnera: VU (narażony), w Polsce EN (zagrożony).
W Polsce objęty jest ochroną ścisłą.
Pierwsze znane miejsce występowania gatunku (locus classicus) znajdowało się przy szlaku turystycznym na Trzy Korony i uległo zniszczeniu w wyniku oberwania się bloku skalnego. Mniszek pieniński uznano wówczas za wymarły. Około 2005 r. odnaleziono ponownie jego egzemplarze w szczelinach skał wapiennych pionowych, południowo-wschodnich ścian Okrąglicy. Są tu dwa skupiska; jedno liczy kilkanaście osobników, drugie około 25, liczby te zmieniają się. Obydwa skupiska są systematycznie monitorowane.
W Polsce mniszek pieniński rośnie na niedostępnych dla turystów i znajdujących się pod ścisłą ochroną obszarach