W 2010 katowickie biuro lustracyjne przy IPN skierowało do sądu wniosek w sprawie oświadczenia lustracyjnego Jana Iwanka, które ten złożył jako dyrektor instytutu na UŚ, kwestionując jego prawdziwość. Jan Iwanek miał w nim wskazać, iż był współpracownikiem organów bezpieczeństwa PRL, a jednocześnie zaprzeczyć współpracy ze Służbą Bezpieczeństwa, gdyż kontakty te miały charakter oficjalny. Prokurator uznał natomiast, że była to tajna i świadoma współpraca oparta na zobowiązaniu. Proces lustracyjny rozpoczął się we wrześniu 2010.
We wrześniu 2013 r. Sąd Okręgowy w Katowicach wydał nieprawomocne orzeczenie stwierdzające, iż profesor Uniwersytetu Śląskiego był tajnym współpracownikiem SB o pseudonimie Piotr, ale nie skłamał w oświadczeniu lustracyjnym.
Jan Piotr Iwanek od 1974 należał do PZPR.
Publikacje Autor Problemy Kanału Panamskiego w stosunkach bilateralnych między Panamą a Stanami Zjednoczonymi, Katowice : UŚ, 1989. Polityka kulturalna i propaganda zagraniczna Stanów Zjednoczonych w Ameryce Łacińskiej, Katowice : UŚ, 1984.