członkiem delegacji uczonych i działaczy liberalno-demokratycznych do prezydenta Ignacego Mościckiego.
II wojna światowa 5 września 1939 r., po ewakuacji z Poznania władz wojewódzkich, odebranej przez mieszkańców jako ucieczka, Ratajski ponownie objął urząd prezydenta miasta (7 września także wojewody poznańskiego), który sprawował do 12 września, gdy zarząd miasta przejęli Niemcy. Mimo prób przymuszenia, odmówił uroczystego przekazania kluczy do miasta na stopniach Ratusza, z czego Niemcy ostatecznie zrezygnowali. Tymczasowo sprawował jeszcze urząd do 14 września, kiedy to zastąpił go Gerhard Scheffler. O godzinie 14 odjechał do Puszczykowa Drogą Dębińską. Po czasowym uwięzieniu w Forcie VII w charakterze zakładnika (6 dni), został zwolniony i 17 maja 1940 r. przesiedlony do Generalnego Gubernatorstwa, w okolice Kielc (od 7 maja 1940 r. przebywał czasowo w obozie przesiedleńczym na Głównej). Wywózka była paradoksalnie szczęśliwym zbiegiem okoliczności, gdyż w jego puszczykowskim domu, krótko po wyjeździe zjawiło się Gestapo. 18 maja 1940 r. został wysadzony w Szastarce, skąd udał się do majątku brata synowej Władysława Podlewskiego w Krukowie.