Wydania Najpierw w roku 1606 wydano „Nowy Testament Pana naszego Jezusa Chrystusa z greckiego na polski język z pilnością przełożony: A teraz znowu przejrzany y z dozwoleniem Starszych wydany. W Gdańsku drukowano u wdowy Guilhelma Guilmothana Roku Pańskiego 1606”. Druk przekładu rozpoczęto w roku 1630. Pełny przekład ukazał się 18 listopada 1632 roku w drukarni Hünefelda w Gdańsku (stąd przyjęta później nazwa). Na ogół staranna korekta nie wychwyciła błędu drukarskiego w Ewangelii Mateusza 4,1 i przepuszczono tekst: „Tedy Jezus zawiedziony jest na puszczą od Ducha, aby był kuszony do Dyabła” – zamiast „od Dyabła”. Pomyłka drukarska stała się przyczyną długotrwałego i kosztownego procesu. Z tego też powodu już w roku 1633 wydano Nowy Testament w małym formacie bez tego błędu.
W roku 1633 Stolica Apostolska wprowadziła Biblię gdańską na Indeks ksiąg zakazanych. Rok później prymas Jan Wężyk surowo zakazał katolikom by „pod klątwą Stolicy Apostolskiej tej Biblji nie ważyli się czytać, chować, przedawać lub komukolwiek darować, lecz gdyby którykolwiek ją dostał, ma natychmiast oddać ją proboszczowi, a proboszcz swojemu biskupowi”.