Po odzyskaniu niepodległości związał się na stałe z odrodzoną Polską. 18 listopada 1919 r. na stałe zamieszkał w Poznaniu (początkowo mieszkał na ul. Wyspiańskiego 12, a od 1929 we własnej willi przy al. Wielkopolskiej 11, posiadając też gospodarstwo z domem przy ul. Obornickiej 303 na Piątkowie)Jan Boehm, Feliks Nowowiejski. Zarys biograficzny, Pojezierze, Olsztyn, 1968, s. 107.. Od 1920 r. prowadził klasę organów w Państwowym Konserwatorium w Poznaniu, gdzie także pełnił funkcję dyrygenta. W tym czasie osobiście zaangażował się w akcję na rzecz wspierania polskiej sprawy przed plebiscytem na Warmii.
Zaprzestał nauczania w 1927 r. i całkowicie oddał się komponowaniu i działalności koncertowej. Prowadził w latach 1935–1939 Miejską Orkiestrę Symfoniczną w Poznaniu, z którą wykonywał muzykę współczesną (Maurice’a Ravela, Alberta Roussela, Florenta Schmitta, Igora Strawinskiego, Tadeusza Zygfryda Kasserna, Tadeusza Szeligowskiego).