Drugim celem przyjętym w trakcie projektowania Beyond Good & Evil było stworzenie pełnej znaczeń opowieści przy zachowaniu wolności gracza. Ancel twierdził, że linearna rozgrywka była potrzebna, aby utrzymać w ryzach opowieść; pomiędzy fragmentami fabuły gracz miał doświadczać wolności. Projektant dążył również do tego, aby swym rytmem gra przypominała film, a jednocześnie angażowała graczy i dawała im przyjemność. Twórcy gry czerpali inspirację z filmów Hayaa Miyazakiego, polityki oraz mediów, szczególnie zaś na nich wpłynęło pokłosie ataków terrorystycznych 11 września 2001 roku. Tworząc główną bohaterkę, Ancel wzorował się na swojej żonie, przy czym jego celem było zaprojektowanie postaci, z którą gracze mogliby się zidentyfikować.
Beyond Good & Evil po raz pierwszy została zademonstrowana na targach Electronic Entertainment Expo w 2002 roku, gdzie spotkała się z negatywnym odbiorem. Początkowo gra była zamierzona jako ambitniejsza artystycznie i miała przypominać utwory takie jak Ico, lecz została poddana znaczącej obróbce, która miała uczynić ją bardziej atrakcyjną pod względem komercyjnym. O ile Jade początkowo była nastolatką, jej postać została zaprojektowana na nowo, aby bohaterka wydawała się potężniejsza i bardziej pasowała do swojego zawodu.