Główną protagonistką Beyond Good & Evil jest młoda reporterka Jade (dubbing – Jodi Forrest). Jade mieszka w latarni morskiej na wyspie, która jest zarazem domem dla dzieci osieroconych w wyniku ataków DomZ. Pey'j (David Gasman), postać o wyglądzie knura, jest wujem Jade i jej obrońcą. W trakcie misji Jade asystuje Double H, zakonspirowany działacz IRIS. Secundo, bot sztucznej inteligencji wbudowany w urządzenie wykorzystywane przez Jade, daje jej wskazówki i gromadzi zrobione przez nią zdjęcia. Do głównych przeciwników w grze należą odpowiedzialny za inwazję Wielki Kapłan DomZ [DomZ High Priest] oraz dowodzący Alpha Sections generał Kehck, który posługuje się propagandą, aby pozyskać wsparcie mieszkańców Hillys, pomimo że sam porywa obywateli, aby dostarczyć ich DomZ.
Streszczenie Jade i Pey'j opiekują się dziećmi z Hillys osieroconymi w wyniku działań DomZ. Gdy medytują z jedną z sierot na świeżym powietrzu, rozbrzmiewa syrena DomZ. Jade spieszy się, aby włączyć zasilanie osłony. Odkrywa, że zabrakło jej kredytów na pokrycie kosztów ochrony. Latarnia morska jest narażona na zniszczenie przez deszcz meteorów. Jeden z meteorów DomZ rozbija się przed latarnią morską. Potwory DomZ porywają wszystkie dzieci. Jade ma za zadanie walczyć z intruzami, aby uwolnić sieroty.