Każdy z nich może wywołać reakcję ze strony błony śluzowej nosa na drodze różnych mechanizmów (zapalnych, immunologicznych, odruchowych), często ze sobą współistniejących.
Powstanie kataru siennego uwarunkowane jest dwoma czynnikami: predyspozycją genetyczną, a także kontaktami z alergenem, inicjującym objawy chorobowe. Czynnikami etiologicznymi są najczęściej alergeny wziewne. Uczulenie sienne jest wywoływane w przeważającej liczbie przypadków przez pyłki roślinne. Pozostałymi alergenami mogą być roztocze, spory pleśniowe, pierze, sierść zwierząt, ale też alergeny pokarmowe, lateks, zanieczyszczenia powietrza czy leki. Procesy patofizjologiczne prowadzące do powstania ANN są złożone i nie do końca wyjaśnione. Patomechanizm alergicznego nieżytu nosa polega głównie na kontakcie alergenu z komórkami tucznymi, które występują w błonie śluzowej. Komórki te posiadają na swojej powierzchni przeciwciała: immunoglobuliny E (IgE). W chwili kontaktu z alergenem ulegają one aktywacji i wydzielają zawarte w komórkach przekaźniki, a także czynne biologicznie substancje (prostaglandyny, leukotrieny).