Minister Finansów Od kwietnia do sierpnia 2005 Correa zajmował stanowisko ministra finansów w gabinecie prezydenta Alfredo Palacio. W czasie czterech miesięcy urzędowania głosił hasła redukcji ubóstwa i zapewnienia ekonomicznej samodzielności najbiedniejszym grupom społecznym. Correa sceptycznie wypowiadał się na temat swobodnej wymiany handlowej z USA. Odrzucał zalecenia Międzynarodowego Funduszu Walutowego i działał na rzecz wzmocnienia współpracy ekonomicznej z innymi krajami Ameryki Łacińskiej.
Correa zrezygnował ze stanowiska ministra w sierpniu 2005 po odmowie udzielenia przez Bank Światowy Ekwadorowi pożyczki oraz po kryzysie związanym ze sprzedażą państwowych obligacjiResignation letter of Rafael Correa, IFIs.Chike.org.. Po odejściu z rządu zachował jednak wysoki poziom społecznego poparcia, stając się jednym z najbardziej popularnych polityków w Ekwadorze.
Kampania prezydencka Po wycofaniu się z obozu rządowego Correa założył własną partię Alianza PAIS (Sojusz PAIS). Z jej ramienia rozpoczął kampanię prezydencką przed wyborami w październiku 2006.